马克思主义是科学的世界观和方法论，是反映客观世界特别是人类社会的本质和规律的科学真理。对马克思主义进行研究既要从哲学、政治经济学、科学社会主义等方面进行分门别类的研究，又要从整体性上完整地把握其科学思想体系。马克思主义理论学科注重马克思主义理论的整体性，旨在研究马克思主义基本理论及其教育教学的实践和规律，其根本研究方法是辩证唯物主义和历史唯物主义，在研究中强调理论与实践、逻辑与历史、继承与创新、科学性与意识形态性的辩证统一，坚持马克思主义优良学风、科学精神和科学方法，不断增强马克思主义学术创造力，形成体现马克思主义立场、观点、方法的话语体系，促进马克思主义的当代发展，努力提升马克思主义理论学科的国际影响力。马克思主义理论一级学科归属于法学门类，下设马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究等6个研究方向。
甘肃农业大学马克思主义学院于2018年获批甘肃省重点马克思主义学院建设单位。2019年获批马克思主义理论省级重点学科，同时，马克思主义理论一级学科获批硕士学位授权点，下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育3个研究方向，并于2020年开始招生。学院有健全的教学研究机构，下设思想道德修养与法律基础教研室、马克思主义基本原理教研室、中国近现代史纲要教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、形势与政策教研室以及研究生公共课教研室6个教研室，主要承担全校本科生、硕士研究生和博士研究生的马克思主义教育与思想政治理论课程。下设1个省级思政课名师工作室，1个经典诵读实验室，1个研究会（三农政策与农业法学研究会）、2个研究中心（“三农政策与法制研究中心”、PPP农业政策与产业研究中心），5个校外实践教学基地（南梁革命纪念馆、哈达铺红军长征纪念馆、会宁红军会师旧址、中国工农红军西路军纪念馆、兰州国学馆）、3个农村党建研究基地（西固区金沟乡、临泽县倪家营镇、皋兰县水阜镇）。
近年来，学院围绕思想政治理论课程建设，深化教育教学改革，先后获批3门省级精品课程，4门校级重点建设课程，1门课程申报甘肃省精品课程优质资源共享课，引进4门国内外优质在线开放课程。先后承担了国家社会科学基金10余项、省级项目30余项，出版专著10余部，获省级以上科研成果奖20余项，在各种学术刊物上发表论文200余篇，主编全国农业院校规划教材10余部。
